冷却水系统中形成的污泥与微生物的滋长繁殖密切相关，防止有机物的形成，只要杀灭或抑制微生物的生长繁殖，此类处理称为杀菌处理。
杀菌处理分为氧化性杀菌外理和非氧化性杀菌处理两类.
氧化性杀菌处理种类有:
1.氯化处理：氯化处理就是向水中加氯，杀死微生物
2.二氧化氯处理：它是一种黄绿色到橙色的气体，也是一种有效的杀菌剂，具有类似氯气的刺激气味。无论是二氧化氯的液体（沸点11℃）还是气体都是不稳定的，运输时容易爆炸。因此通常在现场制备，就地投加。3. 3.臭氧处理
臭氧是(O3)是氧的（O2）同素异性体，它性质很活泼，具有强烈的氧化性。 臭氧它的杀菌能力比氯强，且速度快。用它杀菌不会在水中残留有害物质，但是所需加药量还没有形成经验
4. 溴化物
在碱性条件下，向水中加液氯会生成次氯酸根离子，杀菌能力减弱，所以当水中的碱度和 PH值较高时，可考虑用溴化物替代氯和氯化物。
非氧化性杀菌处理
在某些条件下用非氧化型杀菌剂比氧化型更有效、更方便。所以在循环冷却水中有时将两者联合使用，如每天 (或者几天)冲击性加氯一次，同时每周加非氧化型杀菌剂一次。
常用的有非氧化型杀菌剂有氯酚类、季胺盐类、铜盐和有机化合物等。如：1227杀菌剂 异噻唑啉酮等